Hari Selasa tanggal 31 Maret 2009, Jaksa Agung Hendarman Supandji menandatangani Kesepakatan Bersama antara Departemen Kelautan dan Perikanan Republik Indonesia dengan Kejaksaan Republik Indonesia Nomor : 01/MEN-KP/KB/III/2009 dan Nomor : KEP-032/A/JA/03/2009 tentang Penanganan Masalah Hukum Dalam Bidang Kelautan dan Perikanan.

Kesepakatan Bersama ini memiliki karakteristik khusus karena dalam aplikasinya dari pihak Kejaksaan R.I. akan dilibatkan 3 (tiga) bidang sekaligus yakni bidang tindak pidana khusus, bidang pembinaan serta bidang perdata dan tata usaha negara. Bidang tindak pidana khusus terkait kerja sama atau koordinasi dalam penanganan perkara pidana di bidang kelautan dan perikanan sejak tahap penyidikan sampai dengan eksekusi pelaksanaan putusan pengadilan serta koordinasi pemberian insentif bagi aparat penegak hukum yang berhasil menjalankan tugasnya dengan baik dan kerja sama ini dikendalikan oleh Jaksa Agung Muda Tindak Pidana Khusus. Bidang Pembinaan terkait dengan pelaksanaan pendidikan dan pelatihan teknis bersama aparat penegak hukum khususnya di bidang kelautan dan perikanan yang pelaksanaannya dilakukan Kepala Pusat Diklat Kejaksaan R.I., termasuk terhadap kapal dan perlengkapannya yang dinyatakan dirampas untuk negara atas keputusan pengadilan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap, apakah barang tersebut akan dilelang atau dimanfaatkan oleh Pemerintah sesuai dengan ijin Menteri Keuangan dan semua tugas ini dikendalikan oleh Jaksa Agung Muda Pembinaan. Sedangkan di bidang perdata dan tata usaha negara akan dilakukan kegiatan bantuan hukum, penegakan hukum, pelayanan hukum, pertimbangan hukum dan tindakan hukum lain yang dikendalikan oleh Jaksa Agung Muda Perdata dan Tata Usaha Negara.